El 17 de marzo de 1960, el Presidente de Estados Unidos, Dwight Eisenhower, firmaba el Memorando de Seguridad Nacional que autorizaba el desencadenamiento de la Operación 40.

Los lineamientos generales de esta operación comprendían:

• Crear y unificar la oposición de la Revolución Cubana.

• Promover campañas de propaganda de emisoras subversivas para incitar al pueblo a la rebelión.

• Estimular la creación de una única organización clandestina para la realización de tareas de inteligencia, subversión y terrorismo, en correspondencia con los intereses de la oposición en el exilio.

• El desarrollo de operaciones paramilitares y terroristas en las zonas rurales, sobre la base de la creación de un ejército guerrillero que actuaría de conjunto con las organizaciones contrarrevolucionarias de las zonas urbanas.

Fue así que en agosto de 1960 se decidió la organización de una expedición armada que de forma autónoma estuviera en capacidad de ocupar la Isla y destruir el poder revolucionario.

Agentes de la CIA se infiltraron en la Isla para crear nuevas estructuras organizativas que sirvieran como quinta columna cuando se produjera la agresión preparada en el exterior. En octubre de 1960 las fuerzas revolucionarias liquidaron importantes acciones de la CIA y la contrarrevolución interna en las que las zonas rurales desempeñaban un escenario clave.

En enero de 1961, como parte de la Operación 40, la CIA conformó una unidad de comandos denominados Team Gray (equipos grises) que se debían infiltrar en la Isla para realizar operaciones especializadas en guerra de guerrillas, inteligencia, guerra sicológica, explosivos y comunicaciones. Comenzaron a infiltrarse por diferentes lugares del territorio cubano varias semanas después, pero casi todos fueron detectados y capturados por las fuerzas revolucionarias.

Paralelo al desembarco de la Brigada Invasora 2506 por las costas de Playa Girón, (Bahía de Cochinos), la CIA había planificado una operación clasificada en el más alto secreto, un contingente de 160 hombres, entrenados en una base de la CIA en Carolina del Sur, que atacaría el poblado oriental de Baracoa para producir una acción diversionista cuando las fuerzas mercenarias desembarcaran.

Con la derrota de las bandas de alzados en las zonas montañosas del país, los que habían sido apoyados y abastecidos con armas, municiones y alimentos por los Estados Unidos con la finalidad de crear un ejército que pudiera participar en el derrocamiento de la Revolución, eliminó la quinta columna armada de la contrarrevolución en los llanos y montañas de Las Villas, que había sido diseñada por la CIA según los conceptos de la Operación 40.

La Operación 40 tuvo como misión principal ser el cuerpo represivo de la Brigada de asalto 2506 una vez que hubiera consolidado posiciones en territorio cubano posterior al desembarco.

Fue creada para detener a los principales dirigentes de la Revolución ocupar los principales organismos de la administración central del estado, en especial los institutos armados, centros económicos claves, y apoderarse de los archivos de la seguridad cubana. Los hombres de la Operación 40 no pudieron pisar tierra cubana. Al ver como los invasores de la brigada de asalto eran abatidos en las arenas de Playa Girón, modificaron el plan de desembarco de la unidad por la retirada a la Florida.

Los integrantes de la Operación 40 actuaban también como intermediarios entre la estación de la CIA con sede en la Florida, conocida como JM-WAVE y los grupos terroristas de origen cubano con los que la CIA no estaba interesada en sostener contactos directos, participaban en el tráfico de armas procedentes de Dallas y Nueva Orleans. De esta forma, los terroristas eran abastecidos de dinero, armas, equipos y recibían instrucciones para la realización de las misiones planificadas por la jefatura de JM-WAVE.

En estas acciones no podía faltar la conexión con la mafia norteamericana, sumamente interesada en recuperar su paraíso perdido en La Habana con el advenimiento de la Revolución. Los principales integrantes de la Operación 40, dirigidos por Joaquín Sanjenis, uno de los jefes de la policía en el gobierno del ex presidente Carlos Prío Socarrás y entrenado por el FBI, procedían de los cuerpos represivos de la tiranía de Fulgencio Batista y habían sido colaboradores del FBI o la CIA antes del triunfo de la Revolución.